因政治、历史文化及经济等因素的影响，现存于世的东巴档案分散在10余个国家，东巴档案的保护既面临重重困境，也引来了极大机遇。在此方面的研究主要包括实践工作和理论探讨两个方面：
（一）实践工作方面
东巴档案的收集整理工作范围涉及到个人、组织以及国家，涵盖内容从东巴经书到与之相关的各类文化事物，实践工作从单本的译注到全套东巴档案的分类，这都为东巴档案的保护和研究工作奠定了坚实的基础，挽救了东巴档案毁灭于世的厄运，同时也得以让东巴文化为世人所知，所珍惜。
虽然，东巴档案的收集整理工作在一定时期取得了巨大的成就，但从实践工作的轨迹显明，大部分的东巴档案被各个国家的各个组织收入囊中，在地域分布和研究保管机构上呈现出局部分散的局面，这种地域空间和学术界线的分割让东巴档案难以系统全面进行管理和研究，也难以形成东巴档案的保护体系。同时，因没有完整的东巴档案全套目录和东巴档案直系传承人的指导，大量散落民间的东巴档案不知所踪。而且，各个组织机构对东巴档案相关的文化事物的收集工作仍处于被动接收的过程，对东巴档案的民族文化生态的田野调查和保护的实践工作也未展开。实践工作的不足严重影响了东巴档案存续和保护的可持续发展，在今后的实践工作中要求各个学者和研究工作者深入东巴档案产生的民族文化生态系统中感受活态东巴档案的文化魅力。
（二）理论探讨
国内档案专家在东巴档案的保护除了在实践工作中全面收集，系统整理外，还对东巴档案保护做了深刻的理论探讨，主要集中在东巴档案的实体管理和数字化管理两个方面。
1、东巴档案的实体保护
首先，在东巴档案的搜集工作方面，许多学者纷纷提出了有效建议，华林先生对散存在民间和流失海外的东巴档案收集工作进行了探讨。他认为，对散存在民间的东巴档案，可以“建立专项经费对东巴经档案文献的分布状况进行普查，对一些珍稀东巴经档案原件可采用捐赠、赎买的方式进行征集，对部分暂时征集不到的档案原件可采用复印、拍摄和拓印等方式进行收集，并建立档案保管登记目录”，同时，对东巴档案进行相关的立法保护，“加大力度打击东巴经档案文献的倒卖走私活动”。这不仅能加强与各个执法部门的联系，同时可以通过与各个国家签订的各种国家合约和协议，通过“外交途径追回东巴档案的原件，或交换东巴复制件及出版物”。
其次，在东巴档案的传承工作方面，和继荣先生也指出：“以法规为依据，加强东巴经档案的抢救与整理工作”。同时他还通过介绍东巴人数逐渐减少的事实，强调可以“加强东巴档案的学校教育和专业训练，培养老东巴，支持和鼓励东巴经历史档案传承机制建立健全”为东巴档案的传承提供一条可持续发展的道路。
最后，在东巴档案的修复工作方面，和继荣先生指出：“对于一些东巴经书由于年代久远，保管条件恶劣，已经出现虫蛀、粘连等损毁现象，应采取消毒、修裱、加固、去酸、字迹恢复等现代化保护技术和手段加以修复，使受损文献得以补救和复原。对珍贵及利用频繁的东巴经历史档案可进行缩微复制，有条件的可将其刻录光盘，以缩微复制品和光盘的形式代替原件提供利用，以便于东巴经档案的保存与传播交流。”胡莹先生在此也提出了：“建立与完善抢救保护东巴文档案的技术支持，坚持‘以防为主、防治结合’的保护方针，引进或培养保护技术人才，对发生一定程度损坏的东巴文档案，通过修复或转换载体保存等措施来阻止其损坏情况进一步恶化，投入一定的人力物力与资金支持，建立并完善东巴文档案的保护技术工作，最大限度保证东巴文档案信息的安全和完整。”
2、东巴档案的数字化管理
由于保存机构的分散，人才的缺乏，以及管理标准的不一致，以上几个方面的保护，东巴档案的存续环境仍让人担忧，胡莹先生提出对东巴档案实行数字化保护，主要阐述了“培养集档案保护技术学、历史文献学、计算机操作技能知识、民族文字识读能力四方面于一体的东巴文档案数字化人才”，在国内建立东巴文档案数字化办公室加强对诸如“《东巴文档案数字化保护规则》、《东巴文档案目录数据库、全文数据库结构与数据交换格式标准》”等的建设。同时，通过专管部门统筹规划，建立“东巴文档案保护建立科研基金会，加强国际间互动，努力建立国内外东巴文文献目录，搭建抢救东巴文档案的数据平台”。针对东巴档案的数字化管理，张美芳、秦佳心两位先生，提出了东巴经数字化保护技术方案中的技术措施和技术要求，分析了“扫描东巴经典籍文献不宜用黑白二值模式，宜选用灰度模式或彩色模式，在东巴经典籍文献的扫描过程中，应以信息丢失最少为原则，因此建议用的灰度图像或彩色图像加以保存。对于污染严重的东巴档案，应采用红外线数码摄影技术还原被污迹遮盖住的字迹或图案。同时东巴经典籍文献作为历史价值很高的珍贵文献需要永久的保存下来。因此，可选择进行存储。对于作为利用、共享资料，可选择图像存储格式”。两位先生完善阐述了东巴档案扫描过程，为东巴档案的数字化提供很好的借鉴。
各个学者对东巴档案的保护在实体管理与数字化管理方面提出许多真知灼见，为东巴档案的实体存续和现代化管理指明了方向。但在理论探讨上，对于东巴档案保护、开发利用等的相关细则和法律法规的研究还十分欠缺，基本上沿用的其他文献和学科的相关法律法规。同时，现今各个专家学者的对东巴档案的研究范围绝大数是借助官方和各大组织机构收集的文献材料，没有亲自进入东巴档案诞生发展的民族文化生态系统中去对东巴档案进行具体的分析研究，缺少了东巴档案展演的空间论述。更重要的一点是，东巴档案保护理论研究和实践运用工作没有良性技术嫁接手段，导致理论成果：转化为实践工作技术和方法的动力不足，东巴档案的保护工作大部分还沿用传统的档案管理方法，对先进的技术理论仍是只闻其声不见其人，从而未能转化先进的理论成果形成一套行之有效的实践操作方法。因而各个专家学者在理论探讨的同时需对理论成果转化的技术方法进行深入的研究。
